Deteção de Bacteroides SPP, e Prevotella SPP. em amostras clínicas por PCR em tempo real

Abstract

Uma importante causa de morbilidade e mortalidade no Homem é as infeções por bacilos de Gram negativo. A sua correta identificação é fundamental para a avaliação da doença e na implementação do tratamento adequado. No entanto, a cultura tem várias limitações, é um método demorado, laborioso e com relativa baixa sensibilidade. Estudos sugerem que muitos anaeróbios com significado clínico não são ou são erradamente identificados. Surge assim a necessidade de uma técnica que seja rápida e precisa, permitindo assim uma intervenção célere no diagnóstico destas infeções. A utilização de técnicas de PCR na deteção de microrganismos tem revelado algumas vantagens, nomeadamente o aumento da sensibilidade e especificidade, a diminuição do tempo de resposta e a possibilidade de utilização de amostras durante a antibioterapia. O objetivo deste trabalho foi a implementação de protocolos de PCR em tempo real (PCRtr) para a deteção, em amostras clínicas, de dois dos géneros mais prevalentes nas infeções por anaeróbios, Prevotella e Bacteroides, e a espécie Bacteroides fragilis cuja deteção foi abandonada por problemas na técnica de PCRtr. Os resultados obtidos foram comparados com os da cultura, de modo a avaliar as vantagens e limitações da técnica de PCRtr na deteção destes dois géneros em amostras clínicas. Comparando os valores de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo (VPP) e negativo (VPN) obtidos neste trabalho com os de outros estudos, podemos concluir que, no que diz respeito à sensibilidade e o VPP, os valores são baixos; mas os valores da especificidade e o VPN estes são concordantes. Concluiu-se que a técnica de PCRtr pode ser uma ferramenta complementar na deteção de anaeróbios, sendo principalmente útil em amostras obtidas durante a antibioterapia de infeções graves e no caso de culturas negativas em infeções com elevada suspeição de conterem bactérias anaeróbias.

Anaerobic Gram negative rods are involved in a variety of infections that are commonly associated with considerable morbidity and mortality. The correct identificationof the agentis crucial for thedisease evaluationand the implementation of a successful therapeutic treatment. According to several surveys, the mostimportant anaerobic pathogens remain poorly characterized and conventional identificationis a complicate, expensive, and time-consuming process.Therefore, there is a need for a rapid and accurate diagnostic assay that allows early and effective management of infected patients. Detectionmethodsbased on molecular biologyrepresent a powerful meanforthe identification of pathogensbecausesince they showa high sensibility and specificity, they allow shorter time response and the usage of biological samples after the beginning of the antibiotherapy. The main purpose of this study was the implementation of real time PCR(PCRtr)protocols for the detection of two of the most prevalent genus and the species in anaerobic infections (Prevotella, Bacteroidesand B.fragilis) in biological samples which the detection was discarded for problems with the PCRtrtechnique. The obtained results were compared with the ones from the anaerobic culture in order to evaluate the limitations and advantages of the PCRtrtechnique in the detection of the two genus in biological samples.Comparing the sensibility, specificity and the positive and negative predictive values obtained in this study with others studies we concludedthat the sensibility and predictive value was lower, and the specificity and negative predictive value was similar. In conclusion, our study showthatPCRtrtechnique could be a complementary tool in anaerobes detection mainlyin biological samples that are collected after the beginning of the antibiotherapy. It can also be used in infections that have a high suspicion of anaerobic bacteria that are constantly negative by culture.