Publicação
Identificação e caracterização genética de vírus entéricos (norovírus, astrovírus e adenovírus) em crianças com diarreia aguda em Angola
| datacite.subject.fos | Ciências Médicas | |
| dc.contributor.advisor | SIMÕES, Aida Esteves | |
| dc.contributor.advisor | ISTRATE, Cláudia | |
| dc.contributor.author | TAVARES, Carla Alexandra Dimas | |
| dc.date.accessioned | 2016-10-20T09:28:14Z | |
| dc.date.available | 2016-10-20T09:28:14Z | |
| dc.date.issued | 2015 | |
| dc.date.submitted | 2015 | |
| dc.description.abstract | A gastroenterite aguda (GEA) é uma das principais causas de mortalidade e morbidade em crianças com idade inferior a 5 anos, especialmente nas que vivem em países em desenvolvimento. Sabe-se que os rotavírus são a principal causa de GEA pediátrica, seguidos dos norovírus, adenovírus e astrovírus. Entre 2012 e 2013, crianças com idade inferior a 5 anos, com diarreia e que recorreram a unidades de saúde em Angola (províncias de Huambo, Zaire, Cabinda e Luanda) foram incluídas num estudo piloto com o objetivo de identificar e caracterizar agentes virais causadores de gastroenterite. A deteção e caracterização genética de adenovírus, astrovírus e norovírus foram realizadas num total de 222 amostras de fezes, negativas para rotavírus. Os astrovírus e adenovírus foram detetados por teste de ELISA e teste rápido imunocromatográfico, respetivamente, enquanto os norovírus foram detetados por PCR em tempo real com sonda TaqMan®. A genotipagem foi realizada por análise filogenética de sequências parciais do gene do hexão dos adenovírus, e da ORF2 de astrovírus e norovírus. Nas amostras fecais, foi possível identificar norovírus, adenovírus e astrovírus, com taxas de deteção de 17% (37/222), 11% (24/222) e 5% (11/222), respetivamente. A maioria dos norovírus detetados (81%, 30/37) pertencia ao genogrupo GII, sendo os genótipos mais prevalentes GII.6 (9/30), GII.4 (8/30, incluindo duas variantes Sydney 2012) e GII.7 (6/30). Os genótipos GII.1, GII.2, GII.3, GII.9, GII.14 e GII.16 foram também identificados. Os norovírus GI foram classificados como GI.3 (5/7) e GI.5 (1/7). Quanto aos adenovírus, os tipos mais abundantes foram HAdV-41 (7/24), HAdV-40 (4/24) e HAdV-1 (4/24). Porém, foram igualmente identificados HAdV-2, -5, -9, -15/-29, -18, -26, -27 e -61. Os astrovírus foram genotipados como HAstV-5 (3/7), HAstV-1 (2/7) e HAstV-3 (2/7). Para nosso conhecimento, este foi o primeiro estudo sobre vírus entéricos, para além dos rotavírus, realizado em crianças com GEA em Angola e revela a presença de norovírus, adenovírus e astrovírus em cerca de um terço das amostras estudadas. Ainda, os diferentes vírus apresentam uma grande diversidade de estirpes em circulação, incluindo variantes menos comuns. | pt_PT |
| dc.description.abstract | Acute gastroenteritis (AGE) is one of the most common childhood diseases, affecting especially the developing countries. Rotavirus is considered the leading cause of paediatric diarrhoea along with noroviruses, astroviruses, and adenoviruses. During 2012 and 2013, children under 5 years diagnosed with AGE in health care units of Angola (Huambo, Zaire, Cabinda and Luanda provinces) were enrolled in a pilot study aiming to characterize viral gastroenteritis etiological agents. Detection and genetic characterization of noroviruses, astroviruses, and adenoviruses was performed in a total of 222 stool samples negative for rotavirus. Astroviruses and adenoviruses were screened by ELISA and immunochromatographic rapid test, respectively, while noroviruses were detected by in house TaqMan® real-time PCR. Genotyping was carried out by phylogenetic analysis of a segment of the hexon gene for adenoviruses and partial ORF2 sequences for noroviruses and astroviruses. Noroviruses, adenoviruses, and astroviruses were identified in faecal specimens with detection rates of 17% (37/222), 11% (24/222), and 4% (9/222), respectively. The majority of the noroviruses (81%, 30/37) belong to the GII genogroup, the most prevalent genotypes being GII.6 (9/30), GII.4 (8/30, with two Sydney 2012 variants), and GII.7 (6/30). Though at lower rates, GII.1, GII.2, GII.3, GII.9, GII.14, and GII.16 strains were also recognized. GI noroviruses were genotyped as GI.3 (5/7) and GI.5 (1/7). The most prevalent adenovirus types were HAdV-41 (7/24), HAdV-40 (4/24), and HAdV-1 (4/24) but HAdV-2, -5, -9, 15/29, -18, -26, -27, and -61 were also identified. Astroviruses were acknowledged as HAstV-5 (3/7), HAstV-1 (2/7), and HAstV-3 (2/7). To our knowledge, this is the first report on viral enteric pathogens, other than rotaviruses, infecting children with AGE in Angola and demonstrates that altogether noroviruses, adenoviruses, and astroviruses were detected in about one third of the samples studied. In addition, individual pathogens show a high diversity of circulating strains including unusual ones. | |
| dc.identifier.tid | 201134080 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10362/19198 | |
| dc.language.iso | por | pt_PT |
| dc.publisher | Instituto de Higiene e Medicina Tropical | |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | |
| dc.subject | Biologia molecular | pt_PT |
| dc.subject | Genética | pt_PT |
| dc.subject | Virus | pt_PT |
| dc.subject | Diarreia | |
| dc.subject | Gatroenterite aguda | |
| dc.subject | Adenovírus astrovírus | |
| dc.subject | Astrovírus | |
| dc.subject | Norovírus | |
| dc.subject | Crianças | |
| dc.subject | Angola | |
| dc.subject.ddc | Angola | |
| dc.title | Identificação e caracterização genética de vírus entéricos (norovírus, astrovírus e adenovírus) em crianças com diarreia aguda em Angola | pt_PT |
| dc.type | master thesis | |
| dspace.entity.type | Publication | |
| rcaap.rights | openAccess | pt_PT |
| rcaap.type | masterThesis | pt_PT |
| thesis.degree.name | Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências Biomédicas | pt_PT |