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Publicação
Improvement of KiMoSys framework for kinetic modelling
| Nome: | Descrição: | Tamanho: | Formato: | |
|---|---|---|---|---|
| 2.38 MB | Adobe PDF |
Autores
Orientador(es)
Resumo(s)
Over the past years, an increasing amount of biological data produced shows the impor tance of data repositories. The databases ensure an easier way to reuse and share research
data between the scientific community. Among the most important features are the quick
access to data, described by metadata and available in standard formats, and the compli ance with the FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) Data Principles
for data management.
KiMoSys (https://kimosys.org) is a public domain-specific repository of experi mental data, containing concentration data of enzymes, metabolites and flux data. It
offers a web-based interface and upload facility to publish data, making it accessible in
standard formats, while also integrating kinetic models related to the data.
This thesis is a contribution to the improvement and extension of KiMoSys. It includes
the addition of more downloadable data formats, the introduction of data visualization,
the incorporation of more tools to filter data, the integration of a simulation environment
for kinetic models and the inclusion of a unique persistent identifier system.
As a result, it is provided a new version of KiMoSys, with a renewed interface, mul tiple new features, and an enhancement of the previously existing ones. These are in
accordance with all FAIR data principles. Therefore, it is believed that KiMoSys v2.0 will
be an important tool for the systems biology modeling community.
Nos últimos anos, uma quantidade crescente de dados biológicos produzidos atesta a importância dos repositórios de dados. As bases de dados garantem uma maneira mais fácil de reutilizar e partilhar dados de pesquisa entre a comunidade científica. Entre as características mais importantes estão o rápido acesso aos dados, descritos por metada dos e disponíveis em formatos padrão, e o cumprimento dos Princípios FAIR (Findable, Accessible, Interoperable e Reusable) para a gestão de dados. KiMoSys (https://kimosys.org) consiste num repositório público de domínio espe cífico de dados experimentais, contendo dados de concentração de enzimas, metabolitos e dados de fluxo. Oferece uma interface para a web e uma ferramenta de carregamento de dados, tornando-os acessíveis em formatos padrão, além de integrar modelos cinéticos relacionados aos dados. Esta tese contribui para o melhoramento e extensão do KiMoSys. Inclui a adição de mais formatos de dados para descarga, a introdução de visualização de dados, a incorpo ração de mais opções para filtrar os dados, a integração de um ambiente de simulação para modelos cinéticos e a inclusão de um sistema de identificador único persistente. Como resultado, é apresentada uma nova versão do KiMoSys, com uma interface renovada, várias novas características e um aprimoramento das anteriormente existentes. Estas estão de acordo com todos os princípios de dados FAIR. Portanto, acredita-se que o KiMoSys v2.0 será uma ferramenta importante para a comunidade de modelagem de sistemas biológicos.
Nos últimos anos, uma quantidade crescente de dados biológicos produzidos atesta a importância dos repositórios de dados. As bases de dados garantem uma maneira mais fácil de reutilizar e partilhar dados de pesquisa entre a comunidade científica. Entre as características mais importantes estão o rápido acesso aos dados, descritos por metada dos e disponíveis em formatos padrão, e o cumprimento dos Princípios FAIR (Findable, Accessible, Interoperable e Reusable) para a gestão de dados. KiMoSys (https://kimosys.org) consiste num repositório público de domínio espe cífico de dados experimentais, contendo dados de concentração de enzimas, metabolitos e dados de fluxo. Oferece uma interface para a web e uma ferramenta de carregamento de dados, tornando-os acessíveis em formatos padrão, além de integrar modelos cinéticos relacionados aos dados. Esta tese contribui para o melhoramento e extensão do KiMoSys. Inclui a adição de mais formatos de dados para descarga, a introdução de visualização de dados, a incorpo ração de mais opções para filtrar os dados, a integração de um ambiente de simulação para modelos cinéticos e a inclusão de um sistema de identificador único persistente. Como resultado, é apresentada uma nova versão do KiMoSys, com uma interface renovada, várias novas características e um aprimoramento das anteriormente existentes. Estas estão de acordo com todos os princípios de dados FAIR. Portanto, acredita-se que o KiMoSys v2.0 será uma ferramenta importante para a comunidade de modelagem de sistemas biológicos.
Descrição
Palavras-chave
Repository kinetic models experimental data standard formats data visualization FAIR principles