Publicação
BRD9 as a novel susceptibility gene for familial cutaneous melanoma
| datacite.subject.fos | Engenharia e Tecnologia::Outras Engenharias e Tecnologias | pt_PT |
| dc.contributor.advisor | Sousa, Marta | |
| dc.contributor.advisor | Caldas, Margarida | |
| dc.contributor.author | Ferreira, Renato Xavier Arnêdo | |
| dc.date.accessioned | 2022-04-06T14:00:25Z | |
| dc.date.available | 2022-04-06T14:00:25Z | |
| dc.date.issued | 2022-01 | |
| dc.description.abstract | Cutaneous melanoma (CM) is the most lethal skin cancer, accounting for 60-75% of skin cancer-related deaths. Approximately 5-15% of CM cases occur in a familial context. Germline mutations in high/intermediate risk susceptibility genes have been associated with hereditary CM; however, most genetic causes remain undetermined. Thus, the identification of novel susceptibility genes is needed. Previously, our group identified Bromodomain containing 9 (BRD9) as a promising susceptibility gene for hereditary CM by whole exome sequencing. The main goal of this project was to investigate the BRD9 mutational profile in the Instituto Português de Oncologia de Lisboa Francisco Gentil (IPOLFG) cohort of familial CM patients and to explore the functional impact of BRD9 c.183 G>C on CM aggressiveness. Therefore, the BRD9 mutational profile was evaluated by Sanger sequencing in 72 patient samples from IPOLFG. Immune cell infiltration according to BRD9 expression, mutational status and somatic copy number alterations and the immune potential of the identified BRD9 missense single nucleotide variants (SNVs) were assessed using TIMER2.0 and NetMHCpan4.1 platforms, respectively. Furthermore, the effect of BRD9 c.183G>C on A375 melanoma cells viability, migration, and MAPK pathway activation was explored. In this study, 21 reported SNVs were identified, 8 rare and 13 polymorphisms. Rare SNVs (1 in 5’UTR, 3 intronic and 4 exonic) were classified as benign according to most pathogenicity predictors. According to TIMER2.0 analysis, BRD9 genomic changes had no impact on immune infiltration. Regarding NetMHC4.1 analysis, BRD9 c.183G>C and BRD9 c.1190T>C induce lower binding affinity of BRD9 9-mer peptides to specific MHC-I. Additionally, BRD9 c.183G>C had no effect on cell viability and migration of A375 cells and seems to slightly decrease p-ERK1/2 protein level. Here, we characterized the BRD9 mutational status of IPOLFG cohort of familial CM and verified the absence of BRD9 c.183G>C in new patients. BRD9 c.183G>C do not significant impact A375 cell aggressiveness and potentially inhibit ERK1/2 pathway activation. | pt_PT |
| dc.description.abstract | O melanoma cutâneo (MC) é o cancro de pele mais letal, sendo responsável por 60-75% das mortes relacionadas com estes tumores. Aproximadamente 5-15% dos casos ocorre num contexto familiar. Mutações germinais em genes de risco elevado/moderado têm sido associadas ao MC hereditário. Contudo, a maioria das causas genéticas permanece desconhecida. Assim, torna-se necessário a identificação de novos genes de suscetibilidade. Previamente, o nosso grupo identificou o BRD9 como um promissor gene de suscetibilidade para MC hereditário através de whole exome sequencing. O principal objetivo deste projeto é investigar o perfil mutacional do BRD9 no cohort de pacientes com MC familiar do IPOLFG e explorar o impacto da variante BRD9 c.183G>C na agressividade do MC. Assim, o perfil mutacional do gene BRD9 foi avaliado por sequenciação de Sanger em 72 amostras de pacientes deste cohort. A infiltração imune consoante a expressão, estado mutacional e alterações do número de cópias de BRD9 bem como o potencial imune das variantes raras e missense foram avaliados utilizando as plataformas TIMER2.0 e NetMHCpan4.1, respetivamente. Foi explorado o efeito da variante BRD9 c.183G>C na viabilidade, migração e ativação da via MAPK no modelo de MC A375. Neste estudo, foram identificadas 21 variantes de nucleótido único (VNU), 8 raras e 13 polimorfismos. As VNU raras (1 na 5´UTR, 3 intrónicas e 4 exónicas) foram classificadas como benignas pela maioria dos programas preditivos. De acordo com a análise por TIMER2.0, alterações genómicas no BRD9 não afetam a infiltração imune. Através da plataforma NetMHCpan4.1, observou-se que as variantes BRD9 c.183G>C e BRD9 c.1190T>C induzem uma menor afinidade entre péptidos BRD9 e MHC-I. A variante BRD9 c.183G>C não afetou a viabilidade e migração das células A375 e parece diminuir o nível de p-ERK1/2. Aqui, caraterizámos o estado mutacional do BRD9 no cohort de pacientes com MC familiar do IPOLFG e verificámos a ausência da variante BRD9 c.183G>C em novos pacientes. BRD9 c.183G>C não afeta a agressividade deste modelo e potencialmente inibe a via ERK1/2. | pt_PT |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10362/135934 | |
| dc.language.iso | eng | pt_PT |
| dc.subject | familial cutaneous melanoma | pt_PT |
| dc.subject | BRD9 | pt_PT |
| dc.subject | single nucleotide variants | pt_PT |
| dc.subject | A375 | pt_PT |
| dc.title | BRD9 as a novel susceptibility gene for familial cutaneous melanoma | pt_PT |
| dc.type | master thesis | |
| dspace.entity.type | Publication | |
| rcaap.rights | openAccess | pt_PT |
| rcaap.type | masterThesis | pt_PT |
| thesis.degree.name | Mestrado em Genética Molecular e Biomedicina | pt_PT |