Caracterização genética de estirpes do vírus GBV-C circulantes na região metropolitana de Lisboa

Abstract

O vírus GBV-C é um dos potenciais membros da família Flaviviridae sendo, essencialmente, transmitido por via parentérica. Apesar de inicialmente descrito como agente de hepatites, dados recentes parecem demonstrar a não patogenicidade deste vírus. Curiosamente, o GBV-C parece exercer um efeito benéfico nos indivíduos co-infectados com HIV, facto que estimulou a realização de inúmeros estudos sobre a biologia deste vírus. A escassez de informação de carácter genético/molecular relativa aos vírus GBV-C circulantes em Portugal, motivou a caracterização genética das estirpes virais circulantes na Grande Lisboa. Como corolário da abordagem utilizada, foi ainda possível avaliar a prevalência do GBV-C nesta área geográfica, tendo a análise efectuada recaído sobre num grupo indivíduos, na sua maioria utilizadores de drogas injectáveis co-infectados com HIV e/ou HCV. A aplicação de um método para análise semi-quantitativa da carga viral de GBV-C constituiu, também, um dos propósitos deste trabalho. Foram analisadas 214 amostras do soro humano nas quais o RNA de GBV-C foi detectado por uma reacção de transcrição reversa seguida de amplificação da 5´UTR por nested-PCR. A taxa de virémia na população estudada foi de 40,65%, tendo esta sido estatisticamente associada ao consumo de drogas e idade. As monoinfecções por GBV-C foram detectadas em 22,99% das amostras analisadas enquanto que a taxa de infecções duplas GBV-C/HIV ou GBV-C/HCV foram de 19,54% e 16,09%, respectivamente. Finalmente, as infecções triplas (GBVC/HIV/HCV) foram registadas em 41,38% das amostras analisadas. A caracterização de duas regiões distintas do genoma viral (E1/E2 e NS5A/NS5B) incluiu, entre outras, a análise filogenética das respectivas sequências nucleotídicas, tendo por base três modelos de reconstrução filogenética. A análise da região E1/E2 de 45 sequências virais, evidenciou a segregação de 10 destas com referências do genótipo 1 e 34 com referências do genótipo 2. Nestas últimas, um grupo de 16 sequências formou um putativo novo subtipo associado à área geográfica estudada, denominado G2*, e corroborado pela análise da região NS5A/NS5B. A descoberta de novas variantes genómicas, a compreensão da sua distribuição, elucidação das suas características biológicas e interacção destas com outros vírus, dão ênfase à necessidade de continuidade dos estudos relacionados envolvendo o GBV-C.

The GB virus C (GBV-C) is a tentative member of the Flaviviridae family, readily transmitted by parenteral routes. Although initially regarded as a potential cause of hepatitis, more recent studies have disclosed no evidence for an association between GBV-C and human disease. With the demonstration of a positive effect of an active GBV-C infection on the outcome of HIV infection, the research on GBV-C has been recently reboosted. Due to the scarcity of information regarding GBV-C infection in Portugal, we decided to carry out a genetic characterization of the viral strains circulating in the Greater Lisbon. An immediate consequence of this study was the evaluation of the prevalence of GBV-C infection in a population sample including a large number of IDUs, also characterized by high HIV and/or HCV seroprevalence. Furthermore, in order to quantify the GBV-C viral load, a semiquantitative Real-Time-PCR analysis was also executed. GBV-C viremia was assessed by nested-PCR amplification of a section of the conserved 5’- untranslated region, using total RNA extracted from 214 plasma samples. The overall prevalence of GBV-C infection was 40.6%. GBV-C viremia was found to be statistically associated with the age of the infected individuals or the use of intravenous drugs. Among those with GBV-C viremia, mono-infection was detected only in 22.99% of them, while co-infection with HIV, HCV, or HIV/HCV was revealed in 19.54%, 16.09%, and 41.38% of the population, respectively. The genetic characterization of GBV-C of two distinct genomic regions (E1/E2 e NS5A/NS5B), was carried out by different approaches, including phylogenetic analysis of nucleotide sequences, based on three different methods. Of 45 viral strains comprising the E1/E2 genomic region, 10 showed segregation with genotype 1 and 34 with genotype 2 GBV-C references. However, 16 of the strains assigned to genotype 2 were shown to form a separate cluster (designated G2*), also confirmed by NS5A/NS5B genomic region analysis. The discovery of newly genomic variants, the understanding of their geographical distribution, elucidation of biological characteristics and their interaction with other viruses, emphasize the need to keep on scientific research concerning GBV-C.