OLEASTRO, Mónica de SousaMARQUES, Selma Domingos de Amadeu2024-05-242024-042024-04http://hdl.handle.net/10362/167786A campilobacteriose é desde 2005 a doença zoonótica de origem alimentar mais frequentemente notificada em humanos na União Europeia. Campylobacter jejuni (C. jejuni) e Campylobacter coli (C. coli) são as principais espécies causadoras desta doença, sendo as aves os principais reservatórios destes agentes patogénicos. A resistência de Campylobacter spp. aos antibióticos tem alcançado níveis alarmantes em Portugal segundo os últimos dados dos relatórios europeus oficiais. A sequenciação total do genoma (em inglês Whole Genome Sequencing- WGS) é um importante meio de tipagem molecular no qual muita informação genómica pode ser inferida se comparada com os métodos de tipagem convencionais. Sendo assim, o presente estudo teve como principal objetivo gerar dados relevantes para suportar a transição do uso de métodos fenotípicos para genotípicos, na vigilância epidemiológica de base laboratorial da campilobacteriose em Portugal, com especial foco na vigilância da resistência aos antibióticos. Um total de 643 estirpes clínicas de Campylobacter spp. foram estudadas. Foram isoladas de amostras de fezes e sangue de pacientes com gastroenterite, provenientes da rede de vigilância da campilobacteriose (laboratórios clínicos primários) em Portugal, durante o período de Janeiro de 2022 a Maio de 2023. As estirpes de Campylobacter spp. foram caracterizadas fenotipicamente pelo teste de susceptibilidade aos antibióticos, e genotipicamente pelo método de WGS. Do total das 643 estirpes clínicas de Campylobacter spp., 542 (84,3%) eram C. jejuni e 101 (15,7%) eram C. coli. As crianças dos 1-4 anos de idade [C. jejuni: 31,2% e C. coli: 26,7% (p=0.114)] e os indivíduos do género masculino [58,3% (p<0,001)] foram os mais afetados pela campilobacteriose. Picos de infeção por C. jejuni foram observados no período de Inverno e por C. coli no Verão. Para ambos C. jejuni e C. coli, níveis altos-muito altos de resistência foram observados, para os antibióticos ciprofloxacina (98% vs 93,7%) e tetraciclina (92,1% vs 64,1%), sendo que para a eritromicina apenas C. coli apresentou uma taxa de resistência mais preocupante (29,7% vs 1,6%). Mutações pontuais no gene gyrA e na subunidade 23S do RNAr e a presença do gene tet(O) foram os principais determinantes associados a resistência à ciprofloxacina, eritromicina e tetraciclina, respetivamente em isolados de Campylobacter spp. A análise dos dados de WGS também permitiu identificar os perfis de Multilocus Sequence Typing (MLST). 66 STs diferentes foram detetados em C. jejuni sendo os ST10846 (17,1%), ST50 (9,2%), ST607 (7,3%), ST6461 (7%), ST354 (6,7%) e ST122 (6%), os mais comuns. Estirpes de C. coli apresentaram 30 STs diferentes com os ST10042 (25,7%), ST832 (9,9%), ST855 (6,9%), ST1595 (5,9%), ST3017 (5,9%), ST5659 (5,9%) e ST827 (5%), sendo os mais comuns. Uma análise de cluster aos STs mais frequentes em cada espécie, ST10846 e ST10042 permitiu identificar clusters genéticos de diversas dimensões, que sugerem a ocorrência de possíveis surtos de infeções, não detetados pelo sistema de notificação em curso em Portugal.Os resultados deste estudo mostram a relevância de uma vigilância laboratorial com base em dados de WGS e suportam a recomendação da transição da vigilância da campilobacteriose com base em dados fenotípicos para genotípicos em Portugal.2005, campylobacteriosis has been the most frequently reported foodborne zoonotic disease in humans in the European Union. Campylobacter jejuni (C. jejuni) and Campylobacter coli (C. coli) are the main species causing this disease, with birds being the main reservoirs of these pathogens. The resistance of Campylobacter spp. antibiotics has reached alarming levels in Portugal according to the latest data from official European reports. Whole Genome Sequencing (WGS) is an important means of molecular typing in which much genomic information can be inferred compared to conventional typing methods. Therefore, the main objective of the present study was to generate relevant data to support the transition from the use of phenotypic to genotypic methods in laboratory-based epidemiological surveillance of campylobacteriosis in Portugal, with a special focus on the surveillance of antibiotic resistance. A total of 643 clinical strains of Campylobacter spp. were studied. They were isolated from stool and blood samples from patients with gastroenteritis, from the campylobacteriosis surveillance network (primary clinical laboratories) in Portugal, during the period from January 2022 to May 2023. The Campylobacter spp. were characterized phenotypically by antibiotic susceptibility testing, and genotypically by the WGS method. Of the total of 643 clinical strains of Campylobacter spp., 542 (84.3%) were C. jejuni and 101 (15.7%) were C. coli. Children aged 1-4 years [C. jejuni: 31.2% and C. coli: 26.7% (p=0.114)] and males [58.3% (p<0.001)] were the most affected by campylobacteriosis. Peaks of infection by C. jejuni were observed in the winter period and by C. coli in the summer. For both C. Jejuni and C. coli, very high-high levels of resistance were observed, for the antibiotics ciprofloxacin (98% vs 93.7%) and tetracycline (92.1% vs 64.1%), and for erythromycin only C. coli showed a more worrying resistance rate (29.7% vs 1.6%). Point mutations in the gyrA gene and the 23S RNAr subunit and the presence of the tet(O) gene were the main determinants associated with resistance to ciprofloxacin, erythromycin and tetracycline, respectively in isolates of Campylobacter spp. Analysis of WGS data also allowed the identification of Multilocus Sequence Typing (MLST) profiles. 66 different STs were detected in C. jejuni, being ST10846 (17,1%), ST50 (9,2%), ST607 (7,3%), ST6461 (7%), ST354 (6,7%) and ST122 (6%), the most common. C. coli strains presented 30 different STs with ST10042 (25,7%), ST832 (9,9%), ST855 (6,9%), ST1595 (5,9%), ST3017 (5,9%) , ST5659 (5,9%) and ST827 (5%), being the most common. A cluster analysis of the most frequent ST in each species, ST10846 and ST10042, allowed the identification of genetic clusters of different sizes, which suggest the occurrence of possible outbreaks of infections, not detected by the current notification system in Portugal. The results of this study show the relevance of laboratory surveillance of campylobacterioses based on WGS data, and support the recommendation to transition from surveillance based on phenotypic data to genotypic data in Portugal.porBiologia molecularDoenças tropicaisSaúde internacionalCampylobacter spp.EpidemiologiaSazonalidadeResistência antimicrobianamaster thesis203591755